Исчезновение Харухи Судзумии

17 декабря был обычный школьный день. Приближается Рождество, и у Харухи появляется идея организовать вечеринку по этому поводу. Однако, по какой-то причине мир для Кёна на следующий день полностью изменился, после некоторых сомнений он понял, что Харухи больше нет в его школе. Нагато теперь не пришелец, Микуру — обычная школьница, а следа загадочного переведённого ученика и не было.